Становление расы пони началось с основания самого большого и значимого государства в истории этого мира - Эквестрии. В древнейшие времена все три племени (земные пони, пони-пегасы и пони-единороги) жили в раздоре, но были вынуждены сотрудничать. Ведь только земные пони могли выращивать пищу, только пегасы могли управлять погодой, и только единороги совместными усилиями могли сменять день и ночь. С приходом духов холода - Виндиго, питаемых ненавистью пони друг к другу, племена были вынуждены искать новые земли для выживания. Достоверно неизвестно, где проживали три племени пони до этого. Волей случая они пришли в один край, тёплый, плодородный, красивый, но старая вражда и вновь пришедшие вместе с ней духи чуть не погубили пони и эти новые прекрасные земли.
Когда печальный итог, казалось, был неизбежен, несколько представители племён смогли преодолеть старую вражду и завести дружбу между собой. Духи были побеждены и вынуждены уйти, а пони и прекрасный край были спасены. Племена забыли старые обиды, произошло единение, и земные пони, единороги и пегасы вместе остались в этих краях, назвав свой новый дом Эквестрией.

Примечание: В эти времена наши славные правительницы Селестия и Луна ещё не пришли к власти, а общий технологический прогресс был на уровне средних веков и мир идеально соответствовал шаблону типичного фэнтези-мирка, наполненного магией, чудовищами и разного рода легендами.

Кто такой Дискорд, знают наверное, все. Но знаешь ли ты друг мой, что когда-то он правил всей Эквестрией? Да-да, долгое время он был единоличным правителем всех земель пони, страдавших от его хаотичной тирании. Дискорд был не совсем злодеем, и всё же, его жестокие шалости и скверный нрав приносили массу несчастий для жителей некогда славной страны. Могучий драконикус мог изменять саму суть вещей, искажать их, менять по своему усмотрению. Более того, он мог искажать не только лишь материальное, он обладал властью изменить (зачастую - в худшую сторону) внутреннее мировоззрение и суть живых существ. Шоколадные дожди, мыльные дорогие, обезумевшие несчастные - лишь малая часть бедствий, что обрушилась на Эквестрию тех лет.

И тогда против власти тирана восстали Принцессы, чьи богоподобные силуэты сразили Повелителя Хаоса в вспышке радужной магии Элементов Гармонии, и обратили Дискорда в камень. В таком состоянии он и пробыл ближайшую тысячу лет. После победы над драконикусом мир и гармония вновь воцаряются в Эквестрии. До поры, до времени.

Примечания:
1) Никто точно не скажет, кем или чем является Дискорд на самом деле. Одни считают что он - слияние различных существ, подпавших под разрушительное влияние Хаоса. Другие думают, что Дискорд - порождение чистого Хаоса, дух Раздора и коварства, и никогда не был простым смертным. Как бы там ни было, существо, именуемое драконикусом, обладает невероятной мощью и способностями, а также весьма запоминающейся харизмой и переменчивым характером. Доподлинно не установлено, существуют ли ещё драконикусы помимо Дискорда.
2) Весьма туманным также остаётся происхождение величественных Принцесс. Но по известным данным, на бой с Дискордом оба аликорна вышли уже зрелыми и готовыми дать отпор. О детстве и отрочестве правительниц также нет достоверной информации.
3) Также, у сестёр с собой уже были Элементы Гармонии. Ранее они были составными частями Дерева Гармонии, которое защищала Эквестрию от действия Вечнозелёного леса. Когда Принцесса Селестия и Принцесса Луна пошли против Дискорда, который правил Эквестрией, они вынули Элементы из дерева, тем самым лишая его "источников питания". После поражения Дискорда, они оставляют Элементы себе, заключая их в каменные сферы в тронном зале замка королевских сестёр. Селестия утверждает, что внутренней магии дерева хватит ещё на тысячу лет, однако когда это время настаёт, дерево больше не способно сдерживать силы Вечнозелёного леса и они вырываются. Примечательно, что к этому в какой-то степени лапу также приложил Дискорд.

Давном-давно, в прекрасную страну Эквестрию прибыли из далёких земель два брата. Звали их Скорпан и Тирек. Тирек, едва ощутив вкус магии этих земель, возжелал её всю и захотел поработить местный народ - расу пони. Скорпан же сдружился с одним юным и таланлтивым волшебником из числа пони. Тогда Скорпан решил, что их намерения были чересчур гнусными и призвал брата отказаться от злых намерений. Тирек не послушал Скорпана, и тогда тот выдал его Принцессам Селестии и Луне, дабы спасти Эквестрию. Тирек за свои преступления был низвергнут в Тартар, а Скорпан через некоторое время вернулся домой. 

Примечание: Доподлиннно неизвестно, откуда братья прибыли и какими способностями обладал Скорпан. Также, нельзя точно сказать, представителями какой расы эти двое являются. Есть предположение, что оба брата являются уникальными существами. Также, абсолютно точно установлено, что в это время Принцессы уже взошли на престол Эквестрии и у них был друг и наставник Старсвирл, сдружившийся со Скорпаном.

Следующим крупным конфликтом в истории Эквестрийского Государства становится исчезновение Кристальной Империи. Империя содержала в себе огромную величественную магию, и, если она полна надежы и любви, это отражалось и на всей Эквестрии. Также, если в Империи преобладают негативные эмоции, то это соответственно неблагоприятно отражалось на всех остальных землях пони. О Кристальной империи известно очень мало, в Эквестрии не осталось записей или упоминаний о ней на момент коронации Твайлайт Спаркл. Даже знания принцессы Селестии, по её словам, очень ограничены.

К несчастью для Принцесс, власть в Кристальной Империи захватил тёмный единорог Сомбра. Провозгласив себя Королём и поработив народ кристальных пони, тиран возжелал власти и над всеми остальными землями. Луна и Селестия отреагировали незамедлительно и дали отпор коварному захватчику. Но прежде чем исчезнуть навеки во льдах севера, он заложил заклятие на город кристальных шпилей, и Империя исчезла вместе с ним. Лишь спустя тысячу лет Кристальную Империю удалось вернуть из цепких копыт тёмного тирана, не без помощи Твайлайт и её друзей конечно же.

Примечание: Возможно, Сомбра был одним из немногих, кто из некогда простых смертных смог достичь могущества почти равному силе Принцесс. Он один из тех, кто открыто пользовался тёмной магией.

Давным-давно, в волшебной стране Эквестрия были две царствующие принцессы, которые правили вместе и поддерживали гармонию в этих землях. Для этого старшая, своей силой поднимала Солнце. Младшая же выводила Луну и несла Ночь. Таким образом, две сестры поддерживали баланс в своём царстве и гармонию для своих подданных: Пони всех видов.
Но время шло, и младшая сестра стала недовольна. Пони радовались и играли днём, который приносила старшая сестра, но спали во время прекрасной ночи младшей сестры.
И в один роковой день, молодая принцесса отказалась опустить луну, чтобы дать путь рассвету. Старшая сестра попыталась поговорить с ней, но горечь в сердце младшей превратила её в злобную тёмную кобылу: Натймэр Мун. Она объявила, что покроет всю землю саваном Вечной Ночи. Старшей сестре пришлось применить самую мощную магию, известную пони: Элементы Гармонии. Используя магия Элементов, она победила свою падшую сестру и навсегда заточила её на Луну. Старшая сестра взяла на себя ответственность и за Луну, и за Солнце, и гармония воцарилась в Эквестрии на много веков. Однако, по древнему пророчеству, в длиннейший день тысячного года, звёзды помогут ей сбежать и она принесёт Вечную Ночь.

Понивилль - небольшой городок Эквестрии, в котором проживает Принцесса Дружбы и её друзья. Имеет большое значение в современной истории Эквестрии.
Рассказ об истории Понивилля стоит начать со слов Бабули Смит, местного старожила:
«Давным-давно, когда я была маленькой, дела в Понивилле обстояли иначе. Потому что Понивилля не было! Так-то, мои маленькие пони. Я и моя семья были пони-пилигримами, когда я была маленькой кобылкой. Мы странствовали повсюду, собирая новые семена и продавая старые, и мой папа был искуснейшим собирателем во всей Эквестрии. В один прекрасный день семья Смитов попала в ярчайший, величайший, прекраснейший из всех городов, в место по имени Кантерлот. Клянусь своими ляжками, я никогда не видела ничего подобного ни до, ни после. И, словно красоты города было недостаточно, неожиданно появилась она. Принцесса Селестия! Самая царственная среди всех пони. И неожиданно она остановилась взглянуть на папину коллекцию семян. Тогда принцесса Селестия и увидела, как мы измождены и страстно желаем найти себе дом. И, будучи королевской особой и всё такое, она точно знала место, где мы могли бы приклонить голову. Папа горячо поблагодарил принцессу. Мы быстро добрались до тех земель возле Вечнодикого Леса и построили наш первый дом. Затем мы разбили наш первый сад...»
Однако, поначалу семья Эппл была единственными жителями того плодородного края. И жизнь их была не легка: не хватало пищи, их дом был единственным на многие мили вокруг.
В один день, Бабуля Смит рискнула отправиться в Вечнодикий Лес в поисках еды и нашла там чудесные вольт-яблоки. Впоследствии, семья Эпплов начала их сажать и собирать щедрый урожай. Из них же готовились пироги и джемы. Слава о последних быстро разнеслась по всей Эквестрии, и многие пони решили остаться в этих краях. По словам самй Бабули:
«...И не успели мы оглянуться, как обнаружили себя в уютном городке, полном суетливых пони. Так и был основан Понивилль.»

Как и предсказывало пророчество, в самый длинный день тысячного года со дня заточения Найтмер Мун, Лунная Кобыла вернулась на землю Эквестрии. Это произошло во время празднества Летнего Солнцестояния, который в то время проводился как раз в Понивилле. Туда была направлена первая ученица и протеже Селестии, юная Твайлайт Спаркл. Впоследствии Твайлайт сдружились с пятью местными кобылками, которые оказались предсатвителями и олицетворениями Элементов Гармонии. Вместе они смогли одолеть злую сущность Найтмер Мун и вернули ей прежний облик Принцессы Луны. Так, Твайлайт и её друзья вернули Эквестрии Ночную Принцессу и Элементы Гармонии. Мисс Спаркл осталась жить в Понивилле для изучения  магии дружбы.

Позже, опять же спустя тысячу лет, из каменного плена вырвался всем известный Дух Раздора. Второе его правление оказалось довольно коротким, несмотря на масштабность его деятельности. Он едва не одержал верх над героинями Эквестрии, исказив их внутреннюю суть, но в конце концов был вновь низвергнут в камень.
Однако позже, по воле Принцессы Селестии, драконикус был вновь вернут к жизни. Нежной кобылке Флаттершай удалось перевоспитать коварного Дискорда. Но всё же, в будущем он опять вернётся к плохим делишкам по наускиванию злодея Тирека. И лишь после этого окончательно переосмыслит своё поведение.

Знаменательным событием также является свадьба небезызвестной Принцессы Ми Аморе Кадензы и капитана королевской гвардии Кантерлота Шайнинг Армора, брата Твайлайт Спаркл. Во время венчания выяснилось, что под личиной Каденс прячется Королева Кризалис, лидер роя перевёртышей. Коварные твари атаковали столицу Эквестрии с целью сделать пищей любовь и эмоции жителей страны. На этот раз Твайлайт и ко не успели применить Элементы Гармонии, а поглотившая любовь Шайнинга к Каденс Королева Кризалис сразила Селестию в поединке. И лишь силой любви молодожёнов удалось низвергнуть захватчиков и отбросить их силы прочь от столицы.

Одним прекрасным днём в тронный зал Кантерлота ворвался запыхавшийся гвардеец. Он поведал Селестии важную новость: она вернулась. Кристальная Империя, долгие годы бывшая утерянной для всей Эквестрии. Селестия решает отправить со всем разобраться свою ученицу Твайлайт, несмотря на предостережение Луны. Протеже Солнечной Принцессы пытается справится с заданием, но заключительную часть миссии выполнил её друг и помощник Спайк. Друзья находят Кристальное Сердце, артефакт, отвечающий за внутренние магические силы Империи, и с помощью него побеждают злого тирана, Короля Сомбру. Кристальная Империя вернулась в лоно Эквестрии.

С возвращения Кристальной Империи прошло всего пару месяцев, но на голову юной единорожки Твайлайт Спаркл, ученицы Принцессы Селестии, выпало новое испытание. Сложно описать словами её удивление, когда в один солнечный день она обнаружила, что у шести её подруг внезапно поменялись метки судьбы. Само собой ни у одной из них не получалось делать то, что было указано на её ложнометке. Юная ученица Принцессы долго думала над этим вопросом и лишь спустя некоторое время вспомнила о свитке, присланном ей накануне её наставницей. Заклинание, которое не смог разгадать сам Старсвирл Бородатый! Именно в результате неправильного его применения произошла такая аномалия с кьютиметками. Однако Твайлайт Спаркл все же удалось вернуть все на свои места с помощью магии дружбы. После этого Прицнесса Селестия сочла вполне достойной наградой сделать свою ученицу Принцессой. На церемонии коронации Твайлайт Спаркл собралась вся Эквестрия, чтобы полюбоваться на новую принцессу страны!

Планы Твайлайт Спаркл по празднованию дня Летнего Солнцестояния приходится отложить в сторону, когда Принцессы Селестия и Луна пропадают без вести. Небо разделено на день и ночь, луна и солнце вместе находятся на небе, из Вечнодикого леса по окрестностям распространились лозы хищного растения, которое разрастается повсюду. Главный подозреваемый — Дискорд, но он утверждает, что абсолютно невиновен. Зебра Зекора покидает свой дом и говорит Твайлайт, что сделала зелье, но выпить его может только аликорн. Твайлайт выпивает его и переносится в прошлое, в тот момент, когда Принцесса Луна обратилась в Найтмер Мун...
Твайлайт видит, как Селестия отправила сестру на луну с помощью Элементов Гармонии, потом, ещё раз выпив зелье, она видит тот день, когда Дискорд правил Эквестрией, и как сёстры обратили его в камень. Выясняется, что Элементы Гармонии были взяты принцессами Селестией и Луной у Древа Гармонии в Вечнодиком Лесу в древние времена. И теперь, чтобы спасти Эквестрию от растений, Принцесса Твайлайт и её подруги должны вернуть их Элементы Древу Гармонии. Шестерых друзей ждёт опасная прогулка по Вечнозелёному лесу в поисках Древа… После того, как Элементы были возвращены на место, Дискорд признается, что именно он являлся виновником этого плюща — еще когда принцессы его свергли с власти. Древо же взамен Элементов даёт шестерым друзьям таинственный ларец, который они должны будут открыть.

Долгое время Тирек пробыл узником в Тартаре. Однако, после того как Цербер покинул однажды свой пост, злодей смог сбежать. Тирек долго скрывался и проявил себя лишь после того, как носительницы Элементов вернули их Дереву Гармонии. В переулке Кантерлота он встречает ничего не подозревающего единорога и высасывает его магию. Данная атака проявляется в видении Селестии и Луны. Принцессы немедленно призывают Твайлайт и её друзей чтобы рассказать им историю о братьях из далёких земель, Тиреке и Скорпане.
Продолжая поглощать магию единорогов, Тирек встречает Дискорда. Сравнивая его действия со своим "слабоумным братом", Тирек обращается к нему, как к старому Духу Хаоса, убеждая, что дружба с пони это некий вид заключения, отрекаясь от которой можно вновь получить свободу. С помощью Дискорда, Тирек поглощает достаточное количество магии единорогов, в результате чего получает возможность поглощать силы пегасов и земных пони.
Вскоре Тирек приобретает силу, способную поглощать магию аликорнов. Предвидя это, принцессы Селестия, Луна и Каденс принимают решение о передачи своей магии Твайлайт, после чего отправив её в подполье, полагая, что Тирек не знает о существовании четвёртой принцессы. Узнав часть их плана, Тирек отправляет принцесс в Тартар и, в знак признательности, даёт Дискорду медальон, утверждая, что "он достался ему от кого-то очень близкого". После, на витражном стекле он обнаруживает четвёртую принцессу и вместе с Дискордом отправляет в Понивилль.
После прибытия и захвата подруг Твайлайт, Тирек поглощает их магию, увеличивая свои силы. Дискорд в восторге от перспективы правления Эквестрией вместе с Тиреком, но он заявляет, что больше не нуждается в его помощи, и поглощает магию Хаоса. Вспоминая медальон, данный ему, Тирек объясняет, что это медальон его брата и он "ничего не стоит", как и его бывший владелец.
Тирек находит Твайлайт и вступает с ней в схватку. Осознав, что их силы равны, он предлагает ей сделку: её подруги в обмен на магию аликорнов. Несмотря на протесты подруг, Твайлайт соглашается на обмен с условием, что Дискорд тоже будет освобождён. Отпустив их, Тирек незамедлительно поглощает магию аликорнов, тем самым становясь всемогущим.
Однако Твайлайт и её подруги обнаруживают, что медальон Тирека является последним ключом из тех, что приобрели представители Элементов Гармонии в своих приключениях как доказательство их приверженности своему Элементу. Незамедлительно отправляясь к Дереву Гармонии, они открывают ларец до того, как их замечает Тирек. Ларец наделяет их новой, мощной магией, которой Тирек не в состоянии противостоять. С помощью неё они возвращают украденную Тиреком магию, а его, вновь ослабленного, запирают в клетку в Тартаре, охраняемую Цербером.
Твайлайт же становится официально Принцессой Дружбы и получает в своё распоряжение новый кристальный замок взамен своей библиотеки, в которой она проживала и которая была уничтожена во время битвы с Тиреком.