В Эквестрии есть весь спектр растительности, характерный для всех широт, на которых расположена страна. Травы, яблони, широколиственные и листопадные леса. Цветущие поля и луга. Очень много плодоносящих деревьев и кустарников. Фермерами также выращиваются корнеплоды. На севере растительность более скудная, но в районе Кристальной Империи есть проблески "зелёных зон". На юге очень засушливый климат, и выращивать там можно только лишь некоторые виды и культуры.

Растительность подобного рода встречается обычно лишь в своём ареале, и лишь изредка некоторые виды являются повсеместными.

Ядовитая шутка - красивый синий цветок с длинным тонким стеблем и широкими, заостренными листьями. На макушке цветка видно четыре вьющиеся тычинки, а на листьях отчетливо видна крупная, темная полоса. Цветок хорошо пахнет.
Растение, на вид ничем не примечательное и безобидное, но невероятно опасное и ядовитое - выделяемые споры через воздух попадают в дыхательные пути пони, поражая их иммунную систему и вызывая сыпь, чесотку и усталость. Однако, споры также имеют и магическое влияние на пони, нарушая их магическую ауру и тем самым навлекая на них проклятия. В основном, проклятие имеет эффект "очень злой шутки", выставляя проклятого посмешищем для остальных пони. Может превратить в желе рог единорога, перевернуть крылья пегаса, даже изменить размеры самой пони до неузнаваемости. Проклятие может само пройти через несколько дней, но лучшим средством против этого заболевания являются специальные ванны с добавлением настоек трав и редких растений.

Плотоядные лилии - огромные, красивые цветы, на самом деле являющиеся очень коварными и опасными хищниками. Завлекают пони своим запахом и безупречным внешним видом, а затем засасывают в бутон целиком. Могут выпустить корни из земли и погнаться за своей жертвой, стебли и листья у них служат как щупальца для захвата жертвы.

Вольт-яблоки - уникальные радужные яблоки, растущие на вольт-яблонях. Порой на листве этих деревьев можно увидеть электрические разряды. Плодоносят эти чудесные деревья лишь в определённый период времени, и для сбора урожая требуется соблюсти целый ряд условий. Но вкуснейшие и сладчайшие плоды стоят того. Именно из вольт-яблок изготовливается знаменитый вольт-яблочный джем, ставший главной причиной основания Понивилля.

Семена правды - таинственные семена, из которых пропастает цветок, способный исцелить кьюти-сыпь. Для того, семена проросли, нужно произнести слова правды над ними.

Порой, в этом прекрасном мире встречаются поистине чудесные, невероятно редкие и уникальные растения. Многие из них даже встречаются лишь в единственном экземпляре.

Древо Гармонии - магическое дерево огромной силы. Оно расположено в Вечнодиком Лесу, в потайной пещере, недалеко от старого замка сестёр. Центром дерева является звезда, имеющая форму кьютиметки Твайлайт Спаркл, в то время как знаки Селестии и Луны находятся на стволе. Также известно, что именно из этого дерева были получены в своё время Элементы Гармонии, и именно там теперь они хранятся. По словам Селестии, дерево контролирует всё, что растёт в Вечнодиком лесу, даже без элементов в нём.

Целебный цветок - мифический цветок огромных размеров на краю земли, чьи лепестки, по легенде, способны исцелить самые страшные болезни. Стражем этого магического растения является Татзлвурм, обитающий под ним.

Ядовитый плющ - Страшное на вид и опасное растение, имеющее черный бутон с длинными, твердыми и острыми лепестками. Бледно-синяя ротовая область способна выделять ядовитый, усыпляющий газ, чтобы обезоружить и обездвижить свою жертву. Длинный, эластичный черный стебель удушает добычу, для умерщвления перед погружением пищи в бутон с последующим перевариванием. Одно растение имеет сразу до десяти плотоядных "цветков", имеющих свои собственные органы чувств. Растение крайне опасно, занимает засадные позиции, атакуя быстро и молниеносно. Подходить категорически не рекомендуется.

Ядовитый плющ прорастает вместе с чёрными зарослями колючих лоз из пландерсидов, посаженных многие века назад Дискордом, чтобы ослабить Древо Гармонии и пошатнуть власть Принцесс.

Животный мир Эквестрии также очень разнообразен. Он представлен привычными нам млекопитающими (собаками, кошками, медведями), птицами (совами, фламинго, туканами, колибри), рептилиями (аллигаторы и крокодилы, змеи), амфибиями (лягушки и жабы) и рыбами, насекомыми и прочими созданиями.

Параспрайты - небольшие круглые летающие разноцветные существа c глазами и крыльями насекомых и короткими тонкими черными ножками (напоминают гибрид насекомого и разноцветных комков шерсти). Очень быстро и часто размножаются, отрыгивая комочки, которые становятся новыми параспрайтами. Крайне прожорливы. Очень опасны, так как почти не контролируемы и очень милы. Последнее свойство и привлекает ничего не подозревающих пони.

Фруктовые летучие мыши - особый вид летучих мышей, питающихся фруктами (преимущественно яблоками). Обладают самыми разнообразными расцветками и живут в кронах деревьев огромными стаями.

Летучие мыши вампиры - обладающие более скверным нравом родственники фруктовых летучих мышей. Также, как и они, питаются яблоками, но при этом лишь выпивают их сок, оставляя на иссушённом плоде две аккуратные дырочки, за что и получили своё название.

Звёздные пауки - магические членистоногие твари. Эти пауки имеют на своём теле узор в виде звезды, что является их характерной чертой. Во время так называемого сезона Звёздных Пауков эти существа особенно активизируются.

Древесные волки - также известны как лесные волки — одни из магических существ, обитающих в Вечно-диком лесу. Хищники, тела которых состоят из веток, бревен и листьев, выделяют характерный, очень вонючий запах гнили. Злобные, кровожадные хищники, всегда нападают стаями, из не менее трех особей. Опасные существа, способны к регенерации и восстановлению из любых находящихся рядом веток. Так же, могут переходить в состояние "ульт-формы" — из останков нескольких павших волков создаётся один огромный царь-волк. Опасны и тем, что часто встречаются близко к жилым районам и ловят одиноких пони. Глупы и неуклюжи, боятся сильного шума и огня, однако регенерация и большое количество, делают их успешными пониедами...

Необычные чудовища из пещеры - загадочные и жуткие твари из самой страшной пещеры Эквестрии. Есть всего лишь несколько изображений некоторых обитателй этого загадочного места.

Кокатрис/Василиск - страшное существо с головой и лапами курицы, хвостом змеи, крыльями дракона и красными глазами. Злобный и раздражительный зверь, способный одним лишь взглядом превратить любого в камень. Его гипнотизирующие глаза не дадут жертве убежать, медленно превращая ту в статую. Лишь сам кокатрис способен оживить обращенную жертву.

Мантикора - мифическое существо, обитающее в глубинах Вечнозелёного леса. Является помесью льва, скорпиона и летучей мыши. Хищник, способна отравлять своих жертв с помощью хвоста скорпиона, имеет клыки и когти, не оставляющие и шанса на жизнь, своей добыче, может проглотить пони целиком. Способна летать, благодаря огромным крыльям летучей мыши, передвигаться быстро и ловко, не отставая даже от самых быстрых пегасов. При всей своей страшной сущности, с мантикорой можно договориться, задобрить и даже приручить.

Кролени-вампиры - милые с виду кролики, с рожками на голове и отнюдь не милыми вампирскими клыками, вместо резцов. Завлекают жертву-пони, своим безобидным видом, ласкаются, окружают жертву, а затем нападают, высасывая всю кровь из жертвы, а потому крайне опасны в больших стаях.

Чупакабра - козий вампир, по слухам, ест только коз, точнее высасывает их кровь. Похож на ящероподобного волка с драконьими шипами на спине. Очень ловок, силен и крайне опасен, особенно если голоден и увидит в вас козу...

Пещерные угри - огромные, змеевидные существа, живущие в каньонах, в небольших пещерах. Устраивают там засады для своих жертв - пролетающих мимо птиц и пегасов. Проглатывают пищу целиком, молниеносно выныривая из своего укрытия - пещеры. Обычно селятся огромными стаями, по всей длине каньона или скалы.

Гидра - большой, агрессивный монстр, живущий в болоте. Имеет несколько голов и способна выделять удушающий газ, так же сильна и массивна и отлично плавает. Существует легенда, что если отрубить гидре голову, на её месте вырастет сразу две, при этом средняя голова неуязвима. Неуклюжая и медлительная гидра, на самом деле очень опасна, в её рацион входит рагу из пони, монстр плотояден.

Каменный крокодил - Огромный крокодил с гранитным панцирем. Глуп, но агрессивен и очень опасен, плотояден. Маскируется под плавающее в болоте бревно и молниеносно атакует, способен проглотить целиком любую жертву, или перекусить пополам. Силен и ловок, особенно в воде.

Виндиго - сильные, древние духи, которые питаются враждой и ненавистью. Чем больше ненависти они поглощают, тем сильнее они становятся, тем больше холода они выделяют. С виду безобидны и похожи на ветер, вьющий снежинки в форме лошадей, но на самом деле крайне опасны и способны погрузить в холод целую страну.

Фениксы - волшебные огненные птицы, имеющие свойство возрождаться из пепла всяких раз, как сгорят дотла. Являются символом возрождения. У Принцессы Селестии есть свой личный феникс по кличке Филомина.

Химера - Злобное, трехголовое, плотоядное существо. Чудовище, имеющее перед льва, туловище козы и хвост змеи. По легенде, способна дышать пламенем и разговаривать... Очень опасное, хитрое и ловкое животное, до тех пор, пока не откроет рот... головы существа, очень часто не могут найти между собой общий язык и договориться, как именно съесть свою жертву.

Понивилльская улитка - может впасть в спячку на сорок восемь лун.

Помимо необычных и магических существ, в мире пони также есть место и уникальным созданиям, встречающимся в единственном экземпляре.

Цербер - Трехглавый пес-гигант, призванный сторожить ворота тартара. Силен, опасен, но добродушный к любому пони, если этот пони не узник тартара.

Большая и Малая медведицы - магический медведь, огромных размеров. Малая медведица размером со взрослого дракона, а большая во много раз больше. Их мех выглядит как ночное небо, тела наполовину прозрачны, а на лбах располагаются шестигранные звезды. Медведицы обладают длинными хвостами, в то время, как у остальных медведей хвосты короткие. Раздражительные и очень опасные существа, равных которым, по силе, нет никого. Являются самыми большими и самыми ужасными хищниками во всей Эквестрии. Бессмертны и неуязвимы, но почти всегда в спячке, благодаря чему, крайне редко выходят из своей пещеры, на столько редко, что их существование нередко ставится под сомнение и находится на грани мифа.

Ауисотль - уникальное разумное существо. Позиционируется как злодей. Имеет в своём подчинении приспешников из числа некоторых пони, а также повелевает кошачьими. Истинное происхождение неизвестно. Извечный враг и соперник Дэринг Ду.
Имеет вытянутую собачью голову за исключением глаз, которые смещены ближе к концу морды. Он ходит на четвереньках. Задние ноги напоминают собачьи, тогда как передние похожи на конечности обезьяноподобных существ. Хвост так же напоминает хвост обезьян, на конце которого находится кисть. На большей части тела его окрас темно-синий, а нижняя челюсть и брюхо более светлые. Ауисотль носит золотые украшения, например ожерелье на шее, кольцо в его правом ухе, браслеты на передних лапах и хвосте.

Татзлвурм (Tatzlwurm) - Огромное, змеевидное существо, с тройной челюстью и длинными щупальцами. Имеет несколько рядов острых зубов на каждой челюсти и липкие, растягивающиеся щупальца, которыми и затаскивает жертв в свою ужасную пасть. Умеет плеваться заразной жидкостью и выпрыгивать из своей норы на очень большую высоту, способен мгновенно рыть для себя тоннели под землей. Плотояден и очень опасен.

Болезни

В мире пони, помимо привычных заболеваний, встречаются уникальные болезни. Многие из них до сих пор до конца не изучены.

Талантливая лихорадка, или иначе, кьюти-сыпь - болезнь вызывает появление множества меток судьбы (кьютимарок), которые появляются по всему телу, из-за чего пони постоянно использует и демонстрирует навыки, которые символизируют знаки. Эта болезнь неизлечима по версии традиционной медицины. Но Зекора, зебра-отшельник, знает таинственное растение, чьи семена прорастают только от слов правды. Оно может помочь исцелить эту болезнь.

Пернатый грипп - болезнь, встречающаяся у пегасов и возможно у других летающих существ. Судя по всему, ею очень часто болеют некоторые представители крылатых пони.